中国科学院地理资源所科研系统由7个实验室、3个台站组成，分别是资源与环境信息系统国家重点实验室、陆地表层格局与模拟院重点实验室、区域可持续发展分析与模拟院重点实验室、生态系统网络观测与模拟院重点实验室、陆地水循环及地表过程院重点实验室、资源利用与环境修复所重点实验室、黄河三角洲现代农业工程实验室、禹城综合试验站、拉萨高原生态综合试验站、千烟洲生态试验站。